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Il Duomo di Chiusi, la concattedrale di San Secondiano, è originario del sesto secolo ma è stato più volte restaurato: l'interno è custode di una tavola di Bernardino Fungai (Natività e Santi) che la rende interessante agli occhi del visitatore; a tre navate, ha forma basilicale ed è circondata da diciotto colonne in marmo.
A fianco al Duomo ecco il Museo della Cattedrale la cui esposizione è divisa in quattro sezioni: la prima coincide con la raccolta del materiale dal cristianesimo all'undicesimo secolo, la seconda custodisce suppellettili e opere dal Quattrocento all'Ottocento, la terza detiene i codici miniati e la quarta ha come protagonisti opere e oggetti dal quindicesimo secolo in avanti.
Alla sinistra del Duomo, il Museo Archeologico Nazionale raccoglie le scoperte rinvenute durante gli scavi avvenuti nei dintorni di Chiusi: sarcofagi, ceramiche greche, reperti etruschi e urne cinerarie sono soltanto alcuni dei gioielli che si possono ammirare.
Risalgono al periodo paleocristiano le tombe di Santa Caterina d'Alessandria e di Santa Mustiola, quest'ultima a tre chilometri dal centro abitato (deriva il proprio nome dalla santa patrona di Chiusi che qui fu sepolta); la prima, invece, è posta a Chiusi Scalo ed è dedicata alla vergine e martire di Alessandria.
Sono visitabili anche la Tomba del Leone o del Pozzo che deriva il proprio nome da un affresco raffigurante due leonesse sul frontone all'ingresso (attualmente non visibile), la Tomba della Scimmia (per la rappresentazione di una scimmia sul fregio della camera centrale della tomba) e la Tomba della Pellegrina, tomba familiare di età ellenistica.
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